De laatste tijd is het voor de bij in Bee vs vliegende schotels steeds moeilijker geworden om open plekken met bloemen te vinden waar ze nectar kunnen verzamelen. Je moet ver vliegen naar plaatsen die niet zo veilig zijn. Er verschijnen verschillende obstakels op de vliegroute van de bij, waaronder ongebruikelijke: vliegende schotels. De bij laat zich nergens meer door verrassen, de wereld staat op zijn kop en je kunt van alles verwachten. De heldin is gefocust op het verzamelen van bloemen en jij gaat haar helpen. En ze schiet krijtkogels naar buitenaardse wezens. Van hen verliest de plaat met de aliens zijn zicht en valt op de grond. Het doel in Bee vs Flying Saurs is om de bij zo ver mogelijk te leiden en zoveel mogelijk bloemen te verzamelen.
