Er dreigt een ernstig gevaar over de stad; binnenkort zal deze worden aangevallen door een enorm, eng monster, en de superheld, die wordt opgeroepen om de veiligheid van de stadsmensen te bewaken, bevindt zich volkomen machteloos in Energy Superman 3D. Zijn supervermogen zijn energieballen die hij naar de vijand gooit en hem zo kan vernietigen. Maar periodiek moet de held worden opgeladen, vooral als hij de dag ervoor zijn energie moest gebruiken. In het spel Energy Superman 3D is dit precies de situatie en moet de held, voordat hij de vijand ontmoet, energie verzamelen en hierin help je de held bij de finish, klik op de schaal zodat de superheld de vijand aanvalt en verslaat hem in Energy Superman 3D.