Je held bij Ninja Assassin is een ninja van moordenaar en hij zal zijn werk doen met je hulp. Het bestaat uit de vernietiging van degenen die momenteel zijn vijanden zijn geworden. De taak is zelfs om de magazijnen schoon te maken. Op hen wordt verwacht dat een grote aanval wordt verwacht. Bewakers lopen door de kamers met dozen en verlichten hun weg met lantaarns. Als de ninja in de zone is verlicht door de lantaarn, zal de bewaker hem zien en aanvallen. Je moet uit de donkere kant worden geselecteerd en onmiddellijk aanvallen. Het hele proces is stil zodat andere bewakers niet op hun hoede zijn voor Ninja Assassin.
