Als de duisternis valt, vliegen vleermuizen de grot uit om te jagen en voedsel te vinden. De heldin van het spel Crazy Flappy Bat is een paarse muis die een beetje laat was en later uit de grot vloog dan haar familieleden. Ze zal zelf door het bos moeten vliegen, en de muis is hier het meest bang voor. Naast het feit dat het bos vol gevaarlijke roofdieren zit die de muis schade kunnen toebrengen, vormt het bos zelf een bedreiging. Dit is geen eenvoudig bos, maar een magisch bos, en als de avond valt verschijnen er scherpe doornen tussen de bomen. De muis moet er omheen komen, en jij moet hem daarbij helpen in Crazy Flappy Bat.
