Een buitenaardse invasie in Animals vs Zombies veroorzaakte de verschijning van zombies. Ongenode gasten uit de ruimte brachten een virus met zich mee dat mensen in levende doden verandert. De situatie verslechterde totdat er een vreemde gebeurtenis plaatsvond. Het begon met een groep zombies, bestuurd door buitenaardse wezens, die het huis van een boer aanvielen. Zijn tuinhond kwam de eigenaar verdedigen en plotseling trokken de zombies zich terug. Het blijkt dat huisdieren een bedreiging vormen voor zombies en zelfs buitenaardse wezens, en ze begonnen dieren te vangen en op te sluiten in kooien. In het spel Animals vs Zombies help je de held zijn huisdier te bevrijden en tegen zombies en aliens te vechten.
