Een epidemie heeft steden en dorpen in Outbreak Ops getroffen. Er werden quarantainezones gevormd in afwachting van de komst van een vaccin, maar het aantal besmette mensen nam toe en het begon te muteren. Geen enkel vaccin kan de mutant terugbrengen naar de menselijke vorm, dus werd besloten een zuivering uit te voeren in de quarantainezones. Je held gaat taken voltooien en jij helpt hem. Zijn missie zal veranderen in overleven omdat er te veel mutanten zijn in Outbreak Ops. Je moet snel bewegen om te voorkomen dat je omsingeld wordt.
