Na een reeks door de mens veroorzaakte rampen is de ecologie van de planeten enorm verslechterd en is het voor mensen moeilijk geworden om te leven. Er verschenen mutanten die zich snel aanpasten aan nieuwe omstandigheden. Hun bloed zou de basis kunnen worden voor het creëren van een vaccin dat gewone mensen zal helpen sterker en gezonder te worden. De held van het spel Mutant Blood is een wereldberoemde wetenschapper die alle slimme koppen op de planeet heeft verenigd om een vaccin te maken. Het werk in alle geheime laboratoria is begonnen, maar degenen die zich willen bemoeien met het proces in Mutantblood zijn verschenen - dit zijn extremisten.
