Zodra een schadelijke bacterie of virus het lichaam binnendringt, beginnen speciale cellen daar een onverzoenlijke strijd tegen te voeren. Als er meer microben zijn en de cellen het niet aankunnen, hebben ze hulp van buitenaf nodig. In het spel Bacterial Swarm help je een kunstmatig gecreëerde cel die in een levend organisme is geïntroduceerd, zodat het kan helpen een infectie het hoofd te bieden. Beheers de cel, deze zal automatisch schieten op alle vijandelijke formaties die hem proberen te vernietigen. Van tijd tot tijd zul je een keuze moeten maken uit upgrades in Bacterial Swarm.