De klassieke bubbelschieter in het spel Bubble Invasion 3D wordt naar een driedimensionale ruimte getransporteerd en de bubbels veranderen in veelkleurige ballen. Ze komen verraderlijk van bovenaf en het is jouw taak om de ballen omver te werpen door dezelfde ballen naar ze te schieten. Om een schot neer te krijgen, moet je de bal lanceren naar een plek waar je een groep van drie of meer ballen van dezelfde kleur kunt vormen. De hele groep valt naar beneden en er komen minder ballen bovenaan. Om een level te halen, moet je een bepaald aantal ballen van een specifieke kleur neerschieten in Bubble Invasion 3D.
