De mensheid overleeft zo goed als ze kan tijdens de apocalyps, en de zombies rukken onverbiddelijk op. In het spel Pixel Zombie Base Defense help je de held de veiligheid van een kleine basis te garanderen. Het is goed beschermd, maar er zijn niet genoeg mensen, de held zal van torentje naar torentje moeten rennen om op de zombies te schieten die het hek bestormen. Gedode zombies worden omgezet in munten, die kunnen worden besteed aan het versterken van de basis; er verschijnen nieuwe personages op, die bij de torentjes kunnen worden geplaatst en de ondoden effectief kunnen vernietigen in Pixel Zombie Base Defense.
