Het spel Alien Quarantine speelt zich af op het grondgebied van een geheim laboratorium waar experimenten worden uitgevoerd met gevangen buitenaardse wezens. Eén van de aliens slaagde erin los te komen, hij bevrijdde de anderen en er begon een echte chaos in het laboratorium. De held van het spel Alien Quarantine wordt op verkenning gestuurd, maar wordt geconfronteerd met een gevaarlijke vijand. Hij moet het beveiligingssysteem herstellen om te voorkomen dat monsters in andere sectoren inbreken. Om dit te doen, moet je verschillende apparaten activeren, bewegen en schieten, en buitenaardse aanvallen ontwijken.
