Er vond een ongeval plaats in een geheim onderzoekscomplex, in een van sector nummer negen. De energievoorziening is verstoord en daarom wordt het experiment, dat al een tijdje loopt, mogelijk onderbroken, wat tot onomkeerbare gevolgen zal leiden. De held van het spel Sector Nine: Lockdown ging de situatie corrigeren. Het is noodzakelijk om de energievoorziening te herstellen, maar het bereiken van de bron is niet eenvoudig; de weg wordt onverwacht geblokkeerd door griezelige wezens. Je moet je weg vrijmaken door te bewegen, schieten en springen op platforms in Sector Nine: Lockdown
